Další, a doposud největší rána pro kroužek přichází v roce 1999. Dlouholetý vedoucí, pan Martinásek, odchází pracovně mimo kraj a je nucen své místo uvolnit. Vzápětí se ukázalo, že nalézt nějakou dostatečně kvalitní náhradu je takřka nemožné. Případní zájemci z řady profesionálních modelářů nebyli ochotni smířit se podmínkami, které jim kroužek nabízel, protože se stále jednalo o amatérský zájmový útvar prakticky bez stálé členské základny. Zájemci z řady pedagogů pro změnu neměli žádný vztah k modelové železnici. V této situaci a spíše jako nouzové řešení, než se situace vyřeší, se vedení kroužku ujímá trojice jeho bývalých členů Jan Šantrůček, Jaroslav Hajtol a Daniel Silný, kteří kroužek navštěvovali v letech osmdesátých a devadesátých a kterým nebyl osud kroužku, v němž strávili hodně času, lhostejný. Brzy je doplnil jejich kamarád a kolega se zájmem o železnici Martin Baranovič a před pár lety i Jakub Sigmund.
Noví vedoucí se plni elánu pouští do práce. Přestože nemají s vedením kroužku a dětí žádné pedagogické zkušenosti, byl zahájen další školní rok. Ve vedení kroužku se pravidelně střídají podle svého pracovního vytížení v civilním životě. Počet dětí se v té době pohyboval kolem 15. Již notně opotřebovaný panel byl podroben důkladné kontrole, při níž bylo konstatováno, že je nutno provést řadu oprav, měl-li zůstat v provozu aspoň do nejbližšího dne otevřených dveří. Zrekonstruovány byly některé části tratí, opraveny nejvíce poškozené výhybky, elektroinstalace a drobné závady na vozovém parku tak, aby bylo možno udržet provoz. Tato rekonstrukce však byla již od počátku prováděna s vědomím, že jde o nouzové řešení a panel potřebuje skutečně zásadní opravu. Obavy se naplnily při dni otevřených dveří v roce 2001, kdy pro časté poruchy a technické problémy bylo obrovským problémem udržet provoz alespoň v omezeném rozsahu. Stav tratí a především výhybek byl v zoufalém stavu, uspořádání nádraží a také směrové poměry tratí nebyly pro potřeby provozu vyhovující, elektroinstalace „hořela“. Vozový a i lokomotivní park byl již za hranicemi své životnosti. Udržovat stávající panel v chodu již nebylo možné. Počátkem následujícího školního roku bylo proto rozhodnuto o zahájení celkové rekonstrukce. Vedení DDM však o nějaké zásadní rekonstrukci nechtělo ani slyšet poukazujíc na přílišnou nákladnost. „Leda si to zaplatíte ze svého“ – zněl jasný vzkaz. Nutno podotknout, že spolupráce s vedením DDM byla vždy na dobré úrovni, pouze v oblasti financí se nedařilo nalézt „společnou řeč“ a uspokojit tak potřeby kroužku. Problematická domluva o finanční „injekci však nové vedoucí nezlomila a přistoupili k zásadní rekonstrukci s vědomím, že si budou muset poradit sami.
Na panelu byla vytrhána veškerá původní elektroinstalace, drtivá většina tratí i stanic a krajiny. Dalo by se říci, že se začal stavět úplně nový panel. Jeho plocha se postupně takřka zdvojnásobila a dosáhla velikosti cca 24m2. Zásadně se změnilo vedení tratí, základem se stala dlouhá „okružní“ jednokolejná trať se 4 velkými a 2 menšími nádražími, doplněná traťovou spojkou vedenou z části v souběhu s hlavní tratí a vytvářející tak dojem „falešné“ dvoukolejky. Malá část kolejiva a výhybek byla hrazena ze zajištěného sponzorského příspěvku, takže na části panelu již bylo použito profilové kolejivo TILLIG tvaru I. Na zbylé části panelu se koleje z finančních důvodů vyměnily sice na za mnohdy nové, ale stále obyčejné „plechové“ PIKO tvaru U. Z výhybek pak byly vzhledem k jejich ceně nahrazeny novými pouze ty v nejhorším stavu. Zbylé byly opravovány a dále používány. Vše bylo budováno tak, aby bylo možno na panelu bez větších problémů provozovat i profesionální modely. Alespoň taková byla představa, která se ovšem brzy ukázala jako mylná.
Kompletně byla natažena nová elektroinstalace včetně rozvodu 220V k jednotlivým zásuvkám. Ovládací pulty byly bez výjimky vyměněny za nové, původní velká tlačítka a přepínače nahradily moderní mikrospínače. V některých stanicích se započalo se zapojováním reléového zabezpečovacího zařízení. Velkých změn doznalo rovněž členění krajiny, děti pilně vyráběly stromky a další drobnosti. Docházelo jich však stále méně, protože panel byl z důvodu zmiňované rekonstrukce dlouhodobě mimo provoz a což řada dětí nelibě nesla. Když jejich počet klesl pod kritickou hranici 10, vedoucí sami dokonce dobrovolně platili členské příspěvky, aby klub měl nárok alespoň na nějakou dotaci. Ta nakonec většinou spočívala v pořízení dvou lepidel a jiných drobností ročně…. Přes všechny problémy se během několika let panel podařilo dokončit do stavu umožňujícím další provoz. Problém však byl, že po něm nebylo s čím jezdit. Vozový park tažených vozidel se sice dařilo vzhledem k jednoduchosti udržet v provozuschopném stavu, byť šlo o vozy z velké části zastaralé a na moderní kolejiště se nehodící. Tažná vozidla – lokomotivy však byly až na jednu dvě výjimky neprovozní resp. „mlely z posledního“. Z vlastních zdrojů byly zajištěny potřebné součástky a některé lokomotivy byly opraveny. Někteří členové si navíc začali donášet na jízdy na panelu z domova lokomotivy vlastní, což se ukázalo jako krok správným směrem, protože si začali mnohem více všímat, jak se k modelům kdo chová a množství různých „karambolů a dalších komplikací zapříčiněných obyčejnou lhostejností klesl prakticky na nulu. V tomto duchu bychom rádi provozovali kolejiště i do budoucna.
